Processing Pipeline for Digitalizing the Lineage Tree of Early Zebrafish Embryogenesis from Multiharmonic Imaging

Luengo Oroz, Miguel Ángel; Savy, Thierry; Rubio, Jose L.; Duloquin, Louise; Faure, Emmanuel; Olivier, Nicolas; Ledesma Carbayo, María Jesús; Debarre, Delphine; Bourgine, Paul; Beaurepaire, Emmanuel; Peyrieras, Nadine y Santos Lleo, Andres de (2011). Processing Pipeline for Digitalizing the Lineage Tree of Early Zebrafish Embryogenesis from Multiharmonic Imaging. En: "IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro (ISBI 2011)", 30/03/2011 - 02/04/2011, Chicago, IL, EEUU. ISBN 978-1-4244-4127-3.

Descripción

Título: Processing Pipeline for Digitalizing the Lineage Tree of Early Zebrafish Embryogenesis from Multiharmonic Imaging
Autor/es:
  • Luengo Oroz, Miguel Ángel
  • Savy, Thierry
  • Rubio, Jose L.
  • Duloquin, Louise
  • Faure, Emmanuel
  • Olivier, Nicolas
  • Ledesma Carbayo, María Jesús
  • Debarre, Delphine
  • Bourgine, Paul
  • Beaurepaire, Emmanuel
  • Peyrieras, Nadine
  • Santos Lleo, Andres de
Tipo de Documento: Ponencia en Congreso o Jornada (Artículo)
Título del Evento: IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro (ISBI 2011)
Fechas del Evento: 30/03/2011 - 02/04/2011
Lugar del Evento: Chicago, IL, EEUU
Título del Libro: Proceedings of IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro (ISBI 2011)
Fecha: 2011
ISBN: 978-1-4244-4127-3
Materias:
Escuela: E.T.S.I. Telecomunicación (UPM)
Departamento: Ingeniería Electrónica
Licencias Creative Commons: Reconocimiento - Sin obra derivada - No comercial

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Resumen

The reconstruction of the cell lineage tree of early zebrafish embryogenesis requires the use of in-vivo microscopy imaging and image processing strategies. Second (SHG) and third harmonic generation (THG) microscopy observations in unstained zebrafish embryos allows to detect cell divisions and cell membranes from 1-cell to 1K-cell stage. In this article, we present an ad-hoc image processing pipeline for cell tracking and cell membranes segmentation enabling the reconstruction of the early zebrafish cell lineage tree until the 1K-cell stage. This methodology has been used to obtain digital zebrafish embryos allowing to generate a quantitative description of early zebrafish embryogenesis with minute temporal accuracy and μm spatial resolution

Más información

ID de Registro: 12041
Identificador DC: http://oa.upm.es/12041/
Identificador OAI: oai:oa.upm.es:12041
URL Oficial: http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs_all.jsp?arnumber=5872699&tag=1
Depositado por: Memoria Investigacion
Depositado el: 17 Sep 2012 11:04
Ultima Modificación: 21 Abr 2016 11:12
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