Methodology for reconstructing early zebrafish development from in vivo multiphoton microscopy

Luengo Oroz, Miguel Ángel; Rubio Guivernau, José Luis; Faure, Emmanuel; Savy, Thierry; Duloquin, Louise; Olivier, Nicolas; Pastor Escuredo, David; Ledesma Carbayo, María Jesús; Debarre, Delphine; Bourgine, Paul; Beaurepaire, Emmanuel; Peyrieras, Nadine y Santos Lleo, Andres de (2012). Methodology for reconstructing early zebrafish development from in vivo multiphoton microscopy. "IEEE Transactions on Image Processing", v. 21 (n. 4); pp. 2335-2340. ISSN 1057-7149. https://doi.org/10.1109/TIP.2011.2177911.

Descripción

Título: Methodology for reconstructing early zebrafish development from in vivo multiphoton microscopy
Autor/es:
  • Luengo Oroz, Miguel Ángel
  • Rubio Guivernau, José Luis
  • Faure, Emmanuel
  • Savy, Thierry
  • Duloquin, Louise
  • Olivier, Nicolas
  • Pastor Escuredo, David
  • Ledesma Carbayo, María Jesús
  • Debarre, Delphine
  • Bourgine, Paul
  • Beaurepaire, Emmanuel
  • Peyrieras, Nadine
  • Santos Lleo, Andres de
Tipo de Documento: Artículo
Título de Revista/Publicación: IEEE Transactions on Image Processing
Fecha: Abril 2012
Volumen: 21
Materias:
Palabras Clave Informales: Cell lineage tree, in vivo 4-D imaging, multiphoton microscopy, viscous watershed, zebrafish
Escuela: E.T.S.I. Telecomunicación (UPM)
Departamento: Ingeniería Electrónica
Licencias Creative Commons: Reconocimiento - Sin obra derivada - No comercial

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Resumen

Investigating cell dynamics during early zebrafish embryogenesis requires specific image acquisition and analysis strategies. Multiharmonic microscopy, i.e., second- and third-harmonic generations, allows imaging cell divisions and cell membranes in unstained zebrafish embryos from 1- to 1000-cell stage. This paper presents the design and implementation of a dedicated image processing pipeline (tracking and segmentation) for the reconstruction of cell dynamics during these developmental stages. This methodology allows the reconstruction of the cell lineage tree including division timings, spatial coordinates, and cell shape until the 1000-cell stage with minute temporal accuracy and micrometer spatial resolution. Data analysis of the digital embryos provides an extensive quantitative description of early zebrafish embryogenesis.

Más información

ID de Registro: 15972
Identificador DC: http://oa.upm.es/15972/
Identificador OAI: oai:oa.upm.es:15972
Identificador DOI: 10.1109/TIP.2011.2177911
URL Oficial: http://ieeexplore.ieee.org/xpl/articleDetails.jsp?arnumber=6093965
Depositado por: Memoria Investigacion
Depositado el: 30 Jun 2013 09:51
Ultima Modificación: 21 Abr 2016 16:17
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