Implementación de algoritmos de ensamblaje de genomas en sistemas de memoria compartida y memoria distribuida

Blanco Diez, Adolfo (2013). Implementación de algoritmos de ensamblaje de genomas en sistemas de memoria compartida y memoria distribuida. Tesis (Master), Facultad de Informática (UPM) [antigua denominación].

Descripción

Título: Implementación de algoritmos de ensamblaje de genomas en sistemas de memoria compartida y memoria distribuida
Autor/es:
  • Blanco Diez, Adolfo
Director/es:
  • Martín Ayuso, Vicente
Tipo de Documento: Tesis (Master)
Título del máster: Ingeniería Informática
Fecha: Julio 2013
Materias:
Escuela: Facultad de Informática (UPM) [antigua denominación]
Departamento: Lenguajes y Sistemas Informáticos e Ingeniería del Software
Licencias Creative Commons: Reconocimiento - Sin obra derivada - No comercial

Texto completo

[img]
Vista Previa
PDF (Document Portable Format) - Se necesita un visor de ficheros PDF, como GSview, Xpdf o Adobe Acrobat Reader
Descargar (2MB) | Vista Previa

Resumen

El desarrollo de algoritmos ensambladores de genes y la utilización de estos está viviendo un aumento muy espectacular en los últimos años. Debido a las mejoras ofrecidas en los dispositivos hardware de los numerosos supercomputadores que existen hoy en día se pueden realizar experimentos científicos de una manera más asequible que hace unos años. Este proyecto servirá como introducción en el complejo mundo de algoritmos científicos, más concretamente en algoritmos ensambladores de genomas. Veremos de primera mano cómo utilizar estas nuevas tecnologías, con ejemplos sencillos, pero con un desarrollo lo bastante importante para darnos una idea del funcionamiento de todas las fases de experimentación que engloban los algoritmos ensambladores y la utilización de la programación paralela en supercomputadores. Concretamente en este proyecto se van a analizar exhaustivamente una serie de algoritmos ensambladores que serán probados en uno de los supercomputadores más potentes de España, el Magerit 2. En estas pruebas vamos a proceder al ensamblado de genomas de tres tipos de organismos como bacterias (Staphylococcus Aureus, y Rhodobacter Sphaeroides) y una prueba gran escala con el genoma del Cromosoma 14 del Homo Sapiens Sapiens (Ser humano). Después procederemos a la comparación de todos los resultados obtenidos para poder comprobar que algoritmos realizan mejor su trabajo y ajustar dicha decisión a las necesidades que tenemos actualmente para buscar un algoritmo eficaz.

Más información

ID de Registro: 21934
Identificador DC: http://oa.upm.es/21934/
Identificador OAI: oai:oa.upm.es:21934
Depositado por: Biblioteca Facultad de Informatica
Depositado el: 12 Dic 2013 08:58
Ultima Modificación: 08 Feb 2016 09:23
  • Open Access
  • Open Access
  • Sherpa-Romeo
    Compruebe si la revista anglosajona en la que ha publicado un artículo permite también su publicación en abierto.
  • Dulcinea
    Compruebe si la revista española en la que ha publicado un artículo permite también su publicación en abierto.
  • Recolecta
  • e-ciencia
  • Observatorio I+D+i UPM
  • OpenCourseWare UPM