Implementación de algoritmos de ensamblaje de genomas en sistemas de memoria compartida y memoria distribuida

Blanco Diez, Adolfo (2013). Implementación de algoritmos de ensamblaje de genomas en sistemas de memoria compartida y memoria distribuida. Thesis (Master thesis), Facultad de Informática (UPM).

Description

Title: Implementación de algoritmos de ensamblaje de genomas en sistemas de memoria compartida y memoria distribuida
Author/s:
  • Blanco Diez, Adolfo
Contributor/s:
  • Martín Ayuso, Vicente
Item Type: Thesis (Master thesis)
Masters title: Ingeniería Informática
Date: July 2013
Subjects:
Faculty: Facultad de Informática (UPM)
Department: Lenguajes y Sistemas Informáticos e Ingeniería del Software
Creative Commons Licenses: Recognition - No derivative works - Non commercial

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Abstract

El desarrollo de algoritmos ensambladores de genes y la utilización de estos está viviendo un aumento muy espectacular en los últimos años. Debido a las mejoras ofrecidas en los dispositivos hardware de los numerosos supercomputadores que existen hoy en día se pueden realizar experimentos científicos de una manera más asequible que hace unos años. Este proyecto servirá como introducción en el complejo mundo de algoritmos científicos, más concretamente en algoritmos ensambladores de genomas. Veremos de primera mano cómo utilizar estas nuevas tecnologías, con ejemplos sencillos, pero con un desarrollo lo bastante importante para darnos una idea del funcionamiento de todas las fases de experimentación que engloban los algoritmos ensambladores y la utilización de la programación paralela en supercomputadores. Concretamente en este proyecto se van a analizar exhaustivamente una serie de algoritmos ensambladores que serán probados en uno de los supercomputadores más potentes de España, el Magerit 2. En estas pruebas vamos a proceder al ensamblado de genomas de tres tipos de organismos como bacterias (Staphylococcus Aureus, y Rhodobacter Sphaeroides) y una prueba gran escala con el genoma del Cromosoma 14 del Homo Sapiens Sapiens (Ser humano). Después procederemos a la comparación de todos los resultados obtenidos para poder comprobar que algoritmos realizan mejor su trabajo y ajustar dicha decisión a las necesidades que tenemos actualmente para buscar un algoritmo eficaz.

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Item ID: 21934
DC Identifier: http://oa.upm.es/21934/
OAI Identifier: oai:oa.upm.es:21934
Deposited by: Biblioteca Facultad de Informatica
Deposited on: 12 Dec 2013 08:58
Last Modified: 08 Feb 2016 09:23
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