Whole-genome genotyping of grape using a panel of microsatellite

Zarouri, Belkacem; Vargas, Alba María; Gaforio, Laura; Aller, María; Andrés, María Teresa de y Cabezas, José Antonio (2015). Whole-genome genotyping of grape using a panel of microsatellite. "Tree Genetics & Genomes" ; pp. 17-32. ISSN 1614-2942. https://doi.org/10.1007/s11295-015-0843-4.

Descripción

Título: Whole-genome genotyping of grape using a panel of microsatellite
Autor/es:
  • Zarouri, Belkacem
  • Vargas, Alba María
  • Gaforio, Laura
  • Aller, María
  • Andrés, María Teresa de
  • Cabezas, José Antonio
Tipo de Documento: Artículo
Título de Revista/Publicación: Tree Genetics & Genomes
Fecha: Febrero 2015
Materias:
Escuela: E.T.S.I. Agrónomos (UPM) [antigua denominación]
Departamento: Otro
Licencias Creative Commons: Reconocimiento - Sin obra derivada - No comercial

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Resumen

The use of microsatellite markers in large-scale genetic studies is limited by its low throughput and high cost and labor requirements. Here, we provide a panel of 45 multiplex PCRs for fast and cost-efficient genome-wide fluorescence-based microsatellite analysis in grapevine. The developed multiplex PCRs panel (with up to 15-plex) enables the scoring of 270 loci covering all the grapevine genome (9 to 20 loci/chromosome) using only 45 PCRs and sequencer runs. The 45 multiplex PCRs were validated using a diverse grapevine collection of 207 accessions, selected to represent most of the cultivated Vitis vinifera genetic diversity. Particular attention was paid to quality control throughout the whole process (assay replication, null allele detection, ease of scoring). Genetic diversity summary statistics and features of electrophoretic profiles for each studied marker are provided, as are the genotypes of 25 common cultivars that could be used as references in other studies.

Más información

ID de Registro: 37978
Identificador DC: http://oa.upm.es/37978/
Identificador OAI: oai:oa.upm.es:37978
Identificador DOI: 10.1007/s11295-015-0843-4
URL Oficial: http://link.springer.com/article/10.1007/s11295-015-0843-4
Depositado por: Memoria Investigacion
Depositado el: 05 Nov 2015 13:50
Ultima Modificación: 30 Abr 2016 22:56
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