Intra-chromosomal estimates of inbreeding and coancestry in the Spanish Holstein cattle population

Kleinman Ruiz, D.; Villanueva, B.; Fernández, J.; Toro Ibañez, Miguel Angel; García Cortés, Luis Alberto y Rodríguez Ramilo, Silvia Teresa (2016). Intra-chromosomal estimates of inbreeding and coancestry in the Spanish Holstein cattle population. "Livestock Science", v. 185 ; pp. 38-42. ISSN 1871-1413. https://doi.org/10.1016/j.livsci.2016.01.002.

Descripción

Título: Intra-chromosomal estimates of inbreeding and coancestry in the Spanish Holstein cattle population
Autor/es:
  • Kleinman Ruiz, D.
  • Villanueva, B.
  • Fernández, J.
  • Toro Ibañez, Miguel Angel
  • García Cortés, Luis Alberto
  • Rodríguez Ramilo, Silvia Teresa
Tipo de Documento: Artículo
Título de Revista/Publicación: Livestock Science
Fecha: Marzo 2016
Volumen: 185
Materias:
Escuela: E.T.S. de Ingeniería Agronómica, Alimentaria y de Biosistemas (UPM)
Departamento: Producción Agraria
Licencias Creative Commons: Reconocimiento - Sin obra derivada - No comercial

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Resumen

In recent years, inbreeding and coancestry are being estimated from genome-wide molecular information using a large number of SNPs. Molecular inbreeding and coancestry can be calculated for the whole genome or for particular regions of the genome. In this study, genome-based inbreeding and coancestry were estimated per chromosome and at intra-chromosomal level in a group of Holstein animals genotyped with the Illumina BovineSNP50 BeadChip. After applying filtering criteria, the genomic dataset included 36,693 autosomal SNPs and 10,569 animals. Genome-based inbreeding and coancestry at intra-chromosomal level were calculated using sliding windows of approximately 5 Mb. The results showed differential patterns of inbreeding and coancestry on specific chromosome regions. These patterns provide a more detailed picture of genetic diversity that could be used, for example, for the detection of regions with low levels of genetic diversity that require a specific genetic management in conservation programmes.

Más información

ID de Registro: 46097
Identificador DC: http://oa.upm.es/46097/
Identificador OAI: oai:oa.upm.es:46097
Identificador DOI: 10.1016/j.livsci.2016.01.002
URL Oficial: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1871141316300026
Depositado por: Memoria Investigacion
Depositado el: 05 Jun 2017 17:40
Ultima Modificación: 05 Jun 2017 17:40
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