Abstract
La biología sintética es la ingeniería de los sistemas biológicos. Su objetivo es
poder fabricar circuitos
y dispositivos
biológicos sintéticos. Esto lo consigue usando la
maquinaria biológica natural como software y hardware con el que poder construir
circuitos biológicos artificiales. Es un campo que está muy en auge y en el que están
trabajando
conjuntamente
biólogos, mat
emáticos, físicos e informáticos.
Existe un simulador genético multicelular, llamado
GRO
, desarrollado en una
universidad estadounidense y mejorado en el Laboratorio de inteligencia artificial de la
UPM. Para poder hacer simulaciones hay que introducir l
os datos en formato
GRO
. Este
lenguaje es bastante complejo para personas que no tienen muchos conocimientos
informáticos, ya que, es un leguaje que no es completamente declarativo, tiene también
partes del código que son imperativas y por tanto su dificul
tad es mayor sobre todo si no
están familiarizados con lenguajes de programación.
YAML
, en cambio, es un lenguaje mucho más sencillo y entendible, ya que es un
lenguaje que es completamente declarativo y por tanto no es necesario tener
conocimientos de i
nformática previos, es por ello, que se ha creado una estructura rígida
de manera que los datos que se introducen en
YAML
tienen que corresponder con
GRO
.
La desventaja de
YAML
con respecto a
GRO
es que no se pueden realizar todos los
experimentos que
GRO
soporta, pero sí un gran número de ellos.
Primero
se creó un corrector que comprueba si un experimento introducido en
Y
AML
,
para hacer pruebas en el simulador
GRO
,
es correcto tanto léxica, sintática
como
semánticamente. Una vez comprobado que es correcto habría que traducirlo al lenguaje
que el simulador comprende. Para ello hemos creado un traductor, objetivo de este trabajo
fin de grado, así biólogos
o bioingenieros pueden
introducir datos y hacer simul
aciones
sin complicaciones.
Este traductor, primero comprueba que el texto introducido en
Y
AML
es válido,
gracias a un corrector hecho por Marco
, exalumno de la ETSI Informáticos de la UPM
en
su TFG. Una vez que está correcto lo traduce a
GRO
. Después, e
l traductor
guarda fichero .gro
en la carpeta deseada para poder ser introducido al simulador y poder hacer
todas las pruebas necesarias y oportunas. Esto supone un gran avance
en la facilidad de
uso por parte de biólogos y otros usuarios no necesariame
nte informáticos---ABSTRACT---Synthetic biology is the
engineer of the biology system. Its goal is to be able to
manufacture circuits and synthetic biological devices. This is achieved by using the
natural biological machinery as software and hardware with
which to build artificial
biological circuits. It is a field that is very booming and in which they are working
together biologist, mathematicians, physicists and computer scientists.
There is a multicell genetic
simulator, called GRO, developed in a US u
niversity
and improved in the Artificial Intelligence Laboratory of the UPM. To be able to do
simulations you have to enter the data in GRO format. This language is quite complex for
people who do not have much computer knowledge, since, it is a language t
hat is not
completely declarative, it also has parts of the code that are imperative and therefore its
difficulty is greater especially if they are not familiar with programming languages.
YAML, on the other hand, is a much simpler and more understandable
language,
since it is a language that is completely declarative and therefore it is not necessary to
have previous computer knowledge, that is why a rigid structure has been created in such
a way that the data that are entered in YAML have to correspond w
ith GRO. The
disadvantage of YAML with respect to GRO is that you can not perform all experiments
that GRO supports, but a large number of them. First, a corrector was created that checks
whether an experiment introduced in YAML
, to make tests in the GRO s
imulator, is
correct both lexically, syntactically and semantically. Once verified that it is correct, it
should be translated into the language that the simulator understands. For this we have
created a translator, objective of this final degree project,
so biologist o bioengineers can
enter data and make simulations without complications.
This translator, first check that the text entered in YAML is valid, thanks to a
proofreader made by Marco, alumnus of the ETSI Informáticos of the UPM in his TFG.
Once
it is correct, translate it to GRO. Afterwards, the translator saves .gro file in the
desired folder in order in order to be able to do all necessary and opportune tests. This
represents a great advance in the ease of use biologist and other users not nec
essarily
computerized.
