Traductor de especificación de experimentos en YAML para el simulador multicelular GRO

Martínez García, Enrique (2018). Traductor de especificación de experimentos en YAML para el simulador multicelular GRO. Proyecto Fin de Carrera / Trabajo Fin de Grado, E.T.S. de Ingenieros Informáticos (UPM), Madrid, España.

Descripción

Título: Traductor de especificación de experimentos en YAML para el simulador multicelular GRO
Autor/es:
  • Martínez García, Enrique
Director/es:
  • Rodríguez-Patón Aradas, Alfonso
Tipo de Documento: Proyecto Fin de Carrera/Grado
Grado: Grado en Matemáticas e Informática
Fecha: 2018
Materias:
Escuela: E.T.S. de Ingenieros Informáticos (UPM)
Departamento: Inteligencia Artificial
Licencias Creative Commons: Reconocimiento - Sin obra derivada - No comercial

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Resumen

La biología sintética es la ingeniería de los sistemas biológicos. Su objetivo es poder fabricar circuitos y dispositivos biológicos sintéticos. Esto lo consigue usando la maquinaria biológica natural como software y hardware con el que poder construir circuitos biológicos artificiales. Es un campo que está muy en auge y en el que están trabajando conjuntamente biólogos, mat emáticos, físicos e informáticos. Existe un simulador genético multicelular, llamado GRO , desarrollado en una universidad estadounidense y mejorado en el Laboratorio de inteligencia artificial de la UPM. Para poder hacer simulaciones hay que introducir l os datos en formato GRO . Este lenguaje es bastante complejo para personas que no tienen muchos conocimientos informáticos, ya que, es un leguaje que no es completamente declarativo, tiene también partes del código que son imperativas y por tanto su dificul tad es mayor sobre todo si no están familiarizados con lenguajes de programación. YAML , en cambio, es un lenguaje mucho más sencillo y entendible, ya que es un lenguaje que es completamente declarativo y por tanto no es necesario tener conocimientos de i nformática previos, es por ello, que se ha creado una estructura rígida de manera que los datos que se introducen en YAML tienen que corresponder con GRO . La desventaja de YAML con respecto a GRO es que no se pueden realizar todos los experimentos que GRO soporta, pero sí un gran número de ellos. Primero se creó un corrector que comprueba si un experimento introducido en Y AML , para hacer pruebas en el simulador GRO , es correcto tanto léxica, sintática como semánticamente. Una vez comprobado que es correcto habría que traducirlo al lenguaje que el simulador comprende. Para ello hemos creado un traductor, objetivo de este trabajo fin de grado, así biólogos o bioingenieros pueden introducir datos y hacer simul aciones sin complicaciones. Este traductor, primero comprueba que el texto introducido en Y AML es válido, gracias a un corrector hecho por Marco , exalumno de la ETSI Informáticos de la UPM en su TFG. Una vez que está correcto lo traduce a GRO . Después, e l traductor guarda fichero .gro en la carpeta deseada para poder ser introducido al simulador y poder hacer todas las pruebas necesarias y oportunas. Esto supone un gran avance en la facilidad de uso por parte de biólogos y otros usuarios no necesariame nte informáticos---ABSTRACT---Synthetic biology is the engineer of the biology system. Its goal is to be able to manufacture circuits and synthetic biological devices. This is achieved by using the natural biological machinery as software and hardware with which to build artificial biological circuits. It is a field that is very booming and in which they are working together biologist, mathematicians, physicists and computer scientists. There is a multicell genetic simulator, called GRO, developed in a US u niversity and improved in the Artificial Intelligence Laboratory of the UPM. To be able to do simulations you have to enter the data in GRO format. This language is quite complex for people who do not have much computer knowledge, since, it is a language t hat is not completely declarative, it also has parts of the code that are imperative and therefore its difficulty is greater especially if they are not familiar with programming languages. YAML, on the other hand, is a much simpler and more understandable language, since it is a language that is completely declarative and therefore it is not necessary to have previous computer knowledge, that is why a rigid structure has been created in such a way that the data that are entered in YAML have to correspond w ith GRO. The disadvantage of YAML with respect to GRO is that you can not perform all experiments that GRO supports, but a large number of them. First, a corrector was created that checks whether an experiment introduced in YAML , to make tests in the GRO s imulator, is correct both lexically, syntactically and semantically. Once verified that it is correct, it should be translated into the language that the simulator understands. For this we have created a translator, objective of this final degree project, so biologist o bioengineers can enter data and make simulations without complications. This translator, first check that the text entered in YAML is valid, thanks to a proofreader made by Marco, alumnus of the ETSI Informáticos of the UPM in his TFG. Once it is correct, translate it to GRO. Afterwards, the translator saves .gro file in the desired folder in order in order to be able to do all necessary and opportune tests. This represents a great advance in the ease of use biologist and other users not nec essarily computerized.

Más información

ID de Registro: 49430
Identificador DC: http://oa.upm.es/49430/
Identificador OAI: oai:oa.upm.es:49430
Depositado por: Biblioteca Facultad de Informatica
Depositado el: 14 Feb 2018 07:39
Ultima Modificación: 14 Feb 2018 07:39
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