Implementación del algoritmo SLICO en EspIN

Abstract

EspINA[1] es una herramienta de código libre que realiza tareas de segmentación, análisis y visualización de modelos volumétricos a partir de imágenes tridimensionales (stacks)
obtenidas por microscopios electrónicos y confocales, y empleada por neurólogos para el
estudio de las neuronas y sus componentes. Para ello emplea un abanico de algoritmos de
tratamiento de imágenes al que se quiere añadir el algoritmo SLIC[2] (Simple Linear Iterative Clustering), y sus variantes SLICO (Zero-parameter) y ASLIC (Adaptive).
El desarrollo de este proyecto corresponde a la adaptación de dicho algoritmo a las necesidades de EspINA y su implementación e integración en la herramienta. Se describirán
los pasos realizados para cumplir los objetivos propuestos y se analizarán los resultados obtenidos en el proceso. También se reflejará la toma de decisiones y las justificaciones para
elegir el algoritmo SLIC, y se comparará con otros algoritmos similares que se encuentren
publicados.---ABSTRACT---EspINA[1] is an open-source tool used for the segmentation, analysis and rendering of
volumetric images (stacks) retrieved by electronic microscopes. It is used by neuroscientists
as a tool to study neurons and their composition. This tool makes use of a wide range of
algorithms which SLIC (Simple Linear Iterative Clustering) is to be added to that list along
with its variants: SLICO (Zero-parameter) and ASLIC (Adaptive).
In this final project the SLIC algorithm will be adapted to the needs of EspINA and it
will be implemented and integrated into the tool. The document will walk through the steps
taken to achieve the proposed goals and will highlight the achieved results. It will also go
through the decission-making and explain why SLIC was chosen instead of similar published
algorithms.