Diseño de modelos celulares con Blender y MCell

Abstract

El objetivo de este proyecto es ver y entender la influencia de la superficie y el volumen de una espina dendrítica en la dinámica del calcio. Para empezar lo primero que se ha hecho es analizar los datos de todos los modelos de espina disponibles y elegir variados modelos que puedan representar cada caso de estudio, en este caso lo que se ha decidido es coger una que este en la media, que usaremos como línea base y otras con diferentes características en lo que la superficie y el volumen respecta para compararlas con la línea base. Con la comparación entre estas espinas es lo que estamos buscando para poder obtener la relación entre la superficie, el volumen y además también dependiendo de la espina que hayamos elegido pueden tener o no aparato, todo esto es lo que usaremos para comparar la dinámica del calcio. La simulación comenzara en el punto en el que la concentración de calcio está en su punto máximo. La concentración de calcio ha de ir reduciéndose hasta llegar a un equilibrio en el que el 5% del calcio tiene que mantenerse libre. El calcio va a ser absorbido por unas moléculas que actúan de buffer y capturan moléculas de calcio, las demás son absorbidas en el aparato de la espina. La simulación dura aproximadamente 0.1ms que es el tiempo en el que la dendrita debería estabilizar su concentración de calcio.