Programación visual de experimentos biológicos con los lenguajes Scratch y Blockly

Abstract

En este proyecto me centraré en la creación de un editor de bloques de BioBlocks que permitirá a los usuarios de la aplicación hacer operaciones personalizadas para que las usen en sus experimentos de forma conjunta a los bloques que ya hay predefinidos, permitiendo así expandir la usabilidad de la herramienta según lo requiera cada uno. Para ello, he estudiado qué necesidades tienen los investigadores a la hora de definir una nueva operación dentro de la aplicación y he ido añadiendo esas funcionalidades al código. Está programado para funcionar de forma individual, con el código en un repositorio del LIA distinto al de la plataforma de bitbloq, para permitir un desarrollo por separado si fuera necesario en un futuro trabajar de esta manera. Aun así, se incluirá también en una pestaña separada de la de BioBlock, para poder trabajar directamente en ella y que se carguen automáticamente los bloques creados, para no tener que hacerlo de forma manual en el proyecto. Para la elección de los bloques que hay en el editor, se han tomado como ejemplo las operaciones que ya había definidas en BioBlocks y otros trabajos externos que intentaron también definir un lenguaje de programación de experimentos biológicos, como puede ser el BioCoder, en el cual se definen varias operaciones/funciones en C++ y que nos parecieron útiles para nuestro editor. Respecto a otras funcionalidades que se habían pensado añadir (como por ejemplo algún bloque que se quería incluir en el editor y que permitiese expandir/contraer ciertos campos del bloque en cuestión o la posibilidad de guardar “Metabloques” o conjuntos específicos de operaciones para tenerlos en el toolbox más a mano en caso de que usaran en varios experimentos) han sido retrasadas para otros trabajos futuros debido a la complejidad del editor y de estas mismas. Sinembargo, se incluirán en el anexo alguna documentación sobre cómo se había pensado en el desarrollo de estas partes, con pseudocódigo y comentarios para poder ayudar a cualquier persona que continúe con este trabajo.---ABSTRACT---In this project I will focus in the creation of a BioBlock’s block editor, that will allow the users of the app to make their custom operations so they use them in their experiments with the predefined blocks that we usually have access to in BioBlocks, expanding even more the usability of the tool in conjunction with what the user needs in each case. For that, I have studied what needs the researchers had when defining new operations with the tool and I have been adding those functionalities to the code of the editor. It has been programmed to work individually, with the code on its own LIA repository different from the bitbloq platform, allowing a separated development if the case arrives in a future. Even so, there will be a separated tab from the BioBlocks Experiment one to be able to work directly on it and to load automatically the created blocks so it so it does not have to be manually loaded on each project. For the selection of blocks that the editor has, we have taken some examples that were already defined in the previous version of bioBlock and other external projects that also tried to define a biological experiment programming language like BioCoder, in which there are defined multiple operation in C++ that we thought were useful for our editor. Other functionalities that were planned to be added (like the inclusion of some blocks for the editor that allows the expansion/contraction of some fields of said block, or the possibility to save “Metablocks”, a selection of some operations/blocks that will be saved in the toolbox for more ease of use if they are used in multiple experiments.) have been delayed to be worked on in the future due to the complexity of the editor and this plans themselves. However, it will be included in the annex some documentation about how this functionalities had been thought to be developed, with some pseudocode and comments so any future person that resumes works on this knows how to start or at least has some references.