Normalización de conceptos clínicos presentes en criterios de elegibilidad de ensayos clínicos

González Valencia, Jorge (2016). Normalización de conceptos clínicos presentes en criterios de elegibilidad de ensayos clínicos. Proyecto Fin de Carrera / Trabajo Fin de Grado, E.T.S. de Ingenieros Informáticos (UPM), Madrid, España.

Description

Title: Normalización de conceptos clínicos presentes en criterios de elegibilidad de ensayos clínicos
Author/s:
  • González Valencia, Jorge
Contributor/s:
  • Pérez del Rey, David
Item Type: Final Project
Degree: Grado en Ingeniería Informática
Date: June 2016
Subjects:
Faculty: E.T.S. de Ingenieros Informáticos (UPM)
Department: Inteligencia Artificial
Creative Commons Licenses: Recognition - No derivative works - Non commercial

Full text

[img]
Preview
PDF - Requires a PDF viewer, such as GSview, Xpdf or Adobe Acrobat Reader
Download (1MB) | Preview

Abstract

Para el avance en la práctica clínica, la realización de ensayos clínicos para comprobar la eficacia de nuevos fármacos y procedimientos terapéuticos resulta fundamental. La selección de pacientes es un proceso costoso en tiempo y esfuerzo, dada la necesidad de comprobar detalladamente las características de los pacientes y las condiciones de realización de los ensayos clínicos. Estas condiciones, conocidas también como criterios de elegibilidad, se expresan como datos desestructurados en forma de lenguaje natural. Automatizar este proceso de selección de pacientes requeriría estructurar la información contenida en los criterios y hacerla manejable para las máquinas. Para ello se utilizan técnicas de procesamiento de lenguaje natural y terminologías clínicas estándar que expresan la semántica de los criterios en un formato estructurado a través de códigos. En este trabajo se realiza un estudio del impacto del mecanismo de normalización de la terminología clínica SNOMED-CT sobre la información contenida en los criterios de elegibilidad de ensayos clínicos publicados en clinicaltrials.gov. Para ello se desarrolla una herramienta que identifica y extrae un subconjunto de la semántica contenida en los criterios de elegibilidad de estos ensayos clínicos, asociandola a conceptos de la terminología clínica SNOMED-CT. Junto a esta herramienta, también se implementa una aplicación web para visualizar la información resultante del procesamiento de los ensayos. Realizando un análisis de los resultados del procesamiento de un conjunto de 300 ensayos clínicos sobre cáncer de mama, se ha observado como el proceso de normalización tiene un impacto en la cantidad y variedad de conceptos que representan parte de la información de los criterios. A la vista de estos resultados, aplicando el mecanismo de normalización se aumentaría la eficiencia en la comprobación automática de las características de un paciente y los criterios de elegibilidad, expresados como información estructurada en forma de expresiones de SNOMED-CT.---ABSTRACT---To advance in the clinical practice, conducting clinical trials is essential to test the efficacy of new drugs and therapeutic procedures. The patient selection process is costly in time and effort, given the need to check in detail the characteristics of patients and the clinical trial conditions. These conditions, also known as eligibility criteria, are expressed as unstructured data in natural language. Therefore, automation of this patient selection process would require to structure the information present in the criteria and making this information manageable by computers. Natural language processing techniques and standardized clinical terminologies are used to express the semantics of the criteria in a structured format using codes. In this bachelor’s final dissertation, a study of the impact of the clinical terminology SNOMED-CT normalization mechanism applied over the information present in the eligibility criteria of clinical trials, which are published in the clinicaltrials.gov platform, is performed. In order to achieve that goal, a tool was developed to identify and extract a subset of the semantics present in the eligibility criteria of these clinical trials, associating it to concepts of the SNOMED-CT terminology. Along with this tool, a web application is also implemented to display the results of the clinical trials processing. Conducting an analysis of the results generated at the processing of a set of 300 clinical trials related to breast cancer, an impact on the quantity and diversity of the concepts that represent a subset of the information present in the eligibility criteria can be observed after performing the normalization process. In the view of these results, applying the normalization mechanism would increase efficiency in automatic checking of the characteristics of a patient and the eligibility criteria, both expressed as structured information in the form of SNOMED-CT expressions.

More information

Item ID: 43499
DC Identifier: http://oa.upm.es/43499/
OAI Identifier: oai:oa.upm.es:43499
Deposited by: Biblioteca Facultad de Informatica
Deposited on: 07 Oct 2016 06:34
Last Modified: 07 Oct 2016 07:02
  • Logo InvestigaM (UPM)
  • Logo GEOUP4
  • Logo Open Access
  • Open Access
  • Logo Sherpa/Romeo
    Check whether the anglo-saxon journal in which you have published an article allows you to also publish it under open access.
  • Logo Dulcinea
    Check whether the spanish journal in which you have published an article allows you to also publish it under open access.
  • Logo de Recolecta
  • Logo del Observatorio I+D+i UPM
  • Logo de OpenCourseWare UPM