Detección de variaciones en el número de copias en germoplasma de Zea mays adaptado a la altitud = Copy number variations detection on contrasting altitude adapted Zea mays germplasm

Resumen

El maíz es uno de los cultivares más importantes del mundo, y tiene su origen de domesticación en las zonas bajas de México. A medida que se fue extendiendo durante su domesticación, se adaptó a las regiones del altiplano del país, donde encontró varios contratiempos, como un ambiente más frío y seco y la imponente presencia de Puccinia sorghi, un hongo que causa la roya común del maíz. En varios estudios, un tipo especéfico de variaciones estructurales conocidas como variaciones en el número de copias (CNV) se han relacionado con los rasgos de adaptación. Sin embargo, los mecanismos genéticos que subyacen a esta adaptacién del maíz mexicano a las zonas del altiplano no se han relacionado aún con la presencia de CNVs. En este estudio, hemos detectado la presencia y evaluado el efecto de CNVs en una población de maíz mexicano adaptada a la altura. Los CNVs fueron llamados en dos poblaciones de maíz mexicano, una de zonas bajas y otra de zonas altas. Aplicando un método de llamada de CNVs basado en la profundidad de lectura que solo busca CNVs en las regiones codificantes, se han detectado CNVs en ambas poblaciones, así como duplicaciones y deleciones únicas para cada población. Al analizar con más detalle los genes llamados como duplicación solo en la población de las tierras altas, se ha encontrado asociaci´on entre ellos y algunos rasgos fenotípicos, como la resistencia a la sequía y a Puccinia sorghi. Estos rasgos, entre otros encontrados en este estudio, están relacionados con la adaptación del maíz del altiplano mexicano a su entorno. Creemos que este trabajo sirve de base para futuros estudios donde se valide experimentalmente la presencia de estos genes. Además, esta primera aproximación deja entrever posibles efectos desconocidos de diferentes genes en el fenotipo del maíz del altiplano mexicano.